VIC平台实现了从病毒组基因组测序到基因组拼接与鉴定的“一键式”自动化服务,极大简化了操作流程。各医院只需上传病例原始数据至VIC平台(/vic/和/),即可触发病毒基因分析流程,并获得该病例的全基因组分析结果。VIC得到华为云容器平台强大计算能力的支持,可提供高通量多样本并行云端分析能力。分析结果不仅能为全面分析患者的呼吸道病毒组、研究其致病因子提供支撑,亦可助力临床诊断,为采用相应的治疗措施提供参考,同时还可监测病毒变异趋势,便于提前做出应对措施。
2月10日,中国科学院上海营养与健康研究所、中国科学院上海巴斯德研究所共同开发,华为提供云计算技术支撑的病毒基因组自动化鉴定云平台(VirusIdentificationCloud,VIC)在华为云正式上线。
该平台直接对接人体样本的RNA二代测序原始数据,具有对数据全自动质量控制、拼接和病毒组成分析等功能,实现了快速检测样本中可能存在的包括新冠病毒在内的各种病毒,并在线分析其相对载量。
VIC由中国科学院上海巴斯德研究所大数据平台设计,由中国科学院上海营养与健康研究所生物医学大数据中心开发、运维并提供技术支撑,由华为云基因容器提供云服务技术支撑。
VIC平台只作为一个计算平台,所有的数据权利属于数据提供方,平台不使用用户数据去发表任何科研论文。疫情期间,VIC面向科研用户免费开放。
目前,上海市公共卫生临床中心,上海交通大学医学院附属瑞金医院、中国科学院广州生物医药与健康研究院作为平台的首批用户,已在VIC上完成了批量新冠肺炎患者样本的基因组原始测序数据分析。