那要看你的应用和本身的熟悉程度了。
简单易用windows2003
稳定性好些用LINUX,就是配置比较麻烦
UNIX在比较专业的环境使用。
windows很人性化,窗口的界面操作很简单,linux用起来很麻烦,尤其是你经常用xp之类的win系统用起来会很不舒服,举个简单的例子,用共享命令,win的只需在地址栏输入:\\192.168.***.***就能直接访问,而linux需要写成samba:\\192.168.***.***才能访问,搭建网站也是一样的,linux很麻烦,而且目前所有的软件能再win上面使用,linux几乎没有几个,linux的好处就是比win安全,基本没有病毒可以攻击linux·
操作系统最好还是2000ADserver吧,还有你有服务器都要做些什么职能,可能跟电脑是有关系的,比如文件服务器,硬盘要做阵列,硬盘读写速度要快一点,等等有好多